"Un tigre d'un zoo américain est testé positif au coronavirus, il devient le premier animal à contracter le COVID-19", proclamait un titre d'avril 2020.

Pas du tout.

L'article faisait référence à Nadia, un tigre malais de 4 ans, qui a contracté le COVID au début de la pandémie, avec six autres tigres du zoo du Bronx, probablement après avoir été soigné par un employé du zoo présymptomatique.

C'était la première de ce qui allait devenir un flot continu d'histoires sur des animaux qui, comme la plupart d'entre nous, ont contracté le COVID. Parmi la ménagerie d'animaux qui l'ont contracté, selon les centres américains de contrôle et de prévention des maladies :

Les animaux de compagnie comme les chats, les chiens, les furets et les hamsters.
Les animaux de zoo comme les lions, les tigres, les léopards des neiges, les loutres, les hyènes, les hippopotames et les lamantins.
Les visons qui vivent dans des fermes.
des animaux sauvages, dont des dizaines de cerfs de Virginie et de cerfs mulets, un ouistiti à queue noire et un fourmilier géant.

Le COVID n'échappe pas aux maladies "zoonotiques" que les animaux ont transférées aux humains, ou vice versa. On pense qu'elle est passée d'une chauve-souris, d'un pangolin ou d'un raton laveur à l'homme, peut-être via un intermédiaire tel qu'un animal de compagnie (bien que l'hypothèse controversée d'une "fuite de laboratoire" n'ait pas été complètement démentie).

Tout comme le COVID, la pandémie de grippe porcine H1N1 de 2009 aurait été causée par des porcs nord-américains et européens qui se sont mélangés, mélangeant ainsi les souches de la grippe. Le virus du Nil occidental, originaire des arthropodes et transmis par les moustiques, s'est établi à New York en 1999 et est depuis devenu endémique aux États-Unis. Enfin, la variole du singe, un virus lié à la variole autrefois endémique en Afrique mais qui balaie aujourd'hui la planète, a été découvert chez les singes, bien qu'on pense qu'il soit originaire des rongeurs.

Les animaux ont très probablement lancé la pandémie de COVID-19, comme ils l'ont fait pour tant d'autres, mais leur rôle n'a pas disparu pour autant. L'agent pathogène circule désormais dans les deux populations, se croisant et se retournant, même si ces occurrences sont relativement peu fréquentes. Et comme les humains, les animaux continuent de façonner la pandémie, car de nouvelles variantes et sous-variantes mutent dans des hôtes ayant de la peau, de la fourrure et des plumes avant de tenter de se propager dans la population générale.

Les scientifiques observent le règne animal à la recherche de signes de ce qui va se passer.

Un hôte est un hôte

Les scientifiques ont récemment commencé à suivre la propagation du COVID chez les animaux sur des tableaux de bord de données accessibles au public. L'un d'entre eux, lancé à la fin du mois dernier par la Wildlife Conservation Society et des chercheurs australiens de l'université de médecine vétérinaire de Vienne, a recensé jusqu'à présent 704 diagnostics de COVID-19 chez des animaux du monde entier, dans 39 pays et pour 27 espèces.

Parmi les révélations :

117 infections de chats et 110 de chiens ont été documentées aux États-Unis.
Les visons figurent parmi les animaux les plus fréquemment identifiés comme porteurs du COVID. Rien qu'en Grèce, 159 visons américains ont été diagnostiqués, auxquels s'ajoutent près de 150 en Espagne et 250 en Lituanie.
La plupart des animaux ont été asymptomatiques ou ont présenté des symptômes respiratoires. Les visons sont les plus susceptibles de mourir.
Les sous-variants Omicron sont les souches les plus fréquemment identifiées chez les animaux, bien que des cas de Delta aient également été documentés.

Le risque de contracter le COVID à partir d'animaux est faible, affirme le Dr Mary Montgomery, clinicienne éducatrice à la Division des maladies infectieuses du Brigham and Women's Hospital, un établissement affilié à Harvard à Boston.

Mais elle est réelle. Le COVID est entré chez l'homme à partir d'animaux - peut-être chez plusieurs patients à partir de plusieurs rencontres avec des animaux à la fin de 2019, selon une étude récente - et il peut entrer à nouveau chez l'animal via l'homme dans un processus que les scientifiques appellent "transmission zoonotique".

Tout comme le COVID peut muter chez les humains, il peut muter chez les animaux. Ainsi, un animal porteur du COVID pourrait engendrer une nouvelle variante ou sous-variante et la transmettre à l'homme.

Dans le pire des cas, cette nouvelle variante serait encore plus transmissible que la sous-variante BA.5 d'Omicron, actuellement dominante, et encore plus envahissante sur le plan immunitaire, peut-être même capable de déjouer les antiviraux comme le Paxlovid et les traitements par anticorps monoclonaux administrés en milieu hospitalier ou ambulatoire.

Le coupable le plus probable dans un tel scénario pourrait être un oiseau, en raison de leur nature migratoire.

"Les oiseaux peuvent migrer et disséminer rapidement de nouveaux agents pathogènes", explique M. Montgomery. "Et il y a certainement de nombreux cas dans la littérature d'autres coronavirus affectant les oiseaux".

Parmi les chercheurs qui gardent un œil sur la population aviaire : Le Dr Raj Rajnarayanan, vice-doyen de la recherche et professeur associé au campus du New York Institute of Technology à Jonesboro (Ark). Il a créé et tient à jour un certain nombre de tableaux de bord liés au COVID, dont un sur le COVID chez les animaux, alimenté par les données du GISAID, un organisme de recherche international qui suit l'évolution du COVID et du virus de la grippe.

Alors que la majorité des cas animaux identifiés au niveau mondial concernaient des visons, des cerfs et des animaux de compagnie comme les chats et les chiens, M. Rajnarayanan a récemment noté que le COVID avait déjà atteint la population aviaire. Les deux premiers cas signalés ont récemment été identifiés chez des cygnes en Chine.

Omicron semble plus susceptible d'infecter les poulets et les dindes que la variante Delta, dit-il, ajoutant que le croisement aviaire pourrait éventuellement avoir de "grandes implications" comme de nouvelles mutations, une propagation étendue du virus et des répercussions sur l'approvisionnement alimentaire.

"Tout le monde veut se concentrer sur les espèces de mammifères", dit-il. "Maintenant, les oiseaux entrent en scène. Nous voulons surveiller cela de beaucoup plus près."

M. Rajnarayanan aimerait que le ministère américain de l'agriculture facilite la réalisation de tests plus fréquents sur les animaux d'élevage. Il pense également que l'agence devrait fournir des équipements de protection aux agriculteurs afin de réduire la probabilité de transmission des agriculteurs aux animaux d'élevage, et vice versa.

"Nous en sommes presque à notre troisième année - nous ne voulons pas que cette situation se prolonge indéfiniment", dit-il.

Les professionnels de la médecine et de la médecine vétérinaire doivent s'associer

À mesure que le changement climatique se poursuit, obligeant les animaux et les humains à entrer plus régulièrement en contact, des débordements et des retours de flamme sont inévitables, qu'il s'agisse du COVID, de la grippe aviaire ou d'un agent pathogène encore inconnu de l'homme - peut-être la prochaine pandémie.

Montgomery défend le concept de "One Health", qui souligne que la santé des personnes, des animaux, des plantes et de leur environnement commun est inexorablement liée.

Avant l'avènement de l'automobile, les vétérinaires et les médecins se formaient ensemble, ce qui a conduit les médecins à s'installer dans les grandes villes dotées d'hôpitaux et les vétérinaires à s'installer dans les zones rurales, où l'on avait besoin d'eux pour s'occuper des animaux de ferme. Harvard abritait autrefois une école vétérinaire, en plus de son école de médecine, et les étudiants se formaient ensemble.

Une telle collaboration transdisciplinaire est à nouveau nécessaire si nous voulons enfin prendre le dessus sur cette pandémie - et prévenir la prochaine.

"Nous devons disposer des ressources nécessaires non seulement pour penser à la santé humaine, mais aussi pour nous assurer que nous pensons à la santé animale", dit-elle, ajoutant que les humains ne se préoccupent souvent pas des maladies des animaux - jusqu'à ce qu'elles touchent les humains.

"Parfois, nous ne pensons pas à la prévention, à l'atténuation précoce ou au confinement. Nous ne réagissons qu'une fois que quelque chose a pénétré dans la population humaine. La sensibilisation est la clé ici."